Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo Semarang secara resmi berdiri seiring dengan terjadinya perubahan (konversi) kelembagaan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Walisongo menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Walisongo. Secara historis dan Yuridis formal diawali dengan terbitnya Peraturan Menteri Agama RI Nomer 54 Tahun 2015 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Walisongo Semarang dan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 57 Tahun 2015 Tentang Statuta Universitas Islam Negeri Walisongo Semarang. Dua Peraturan Menteri Agama itulah yang mendasari lahirnya Fakultas Sains dan Teknologi Walisongo. Peresmian Fakultas Sains dan Teknologi bersamaan diresmikannya UIN Walisongo Semarang oleh Menteri Agama RI Lukman Hakim Saifudin pada tanggal 4 Nopember 2015.
Kepemimpinan Fakultas Sains dan Teknologi Periode Pertama (2015-2019)
Kehidupan dan eksistensi Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo ditandai dengan dilantiknya Dekan Fakultas Sains dan Teknologi Periode pertama, Tahun 2015 – 2019, yaitu Dr. H. Ruswan, MA. Untuk melengkapi tata kelola pada Fakultas Sains dan Teknologi maka Dekan dibantu oleh para Wakil Dekan. Pelantikan para Wakil Dekan periode 2015-2019 dilaksanakan pada tanggal 4 Desember 2015 dengan terbitnya SK Rektor UIN Walisongo Nomor In. 06.0/R/KP.07.6/723/2015. Para wakil Dekan tersebut adalah (1) Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kelembagaan dijabat oleh Dr. Lianah, M.Pd., (2) Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan dijabat oleh H. Ismail, M.Ag., (3) Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama dijabat oleh Dr. H. Hamdani, M.Ag.
Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo Semarang mengelola 9 program studi meliputi: 1) Pendidikan Matematika; 2) Pendidikan Kimia; 4) Pendidikan Fisika; 5) Pendidikan Biologi; 5) Matematika; 6) Kimia; 7) Fisika; 8) Biologi; 8) Teknologi Informasi (TI).
Kepemimpinan Fakultas Sains dan Teknologi Periode Kedua (2019-2024)
Pada tanggal 29 Agustus 2019, Rektor UIN Walisongo, Prof. Dr. H. Imam Taufiq, M.Ag melantik Dekan FST periode kedua, Dr. H. Ismail, M.Ag. dengan terbitnya SK Menteri Agama RI Nomor: 2065/Un.10.0/R/KP.07.6/8/2019 Tentang Pemberhentian dan Pengangkatan Dekan pada UIN Walisongo Semarang. Tata kelola pada Fakultas Sains dan Teknologi, Dekan dibantu oleh tiga Wakil Dekan. Pelantikan para Wakil Dekan FST periode kedua (2019-2023) dilaksanakan pada tanggal 2 September 2019 oleh Rektor UIN Walisongo Semarang, Prof. Dr. H. Imam Taufiq, M.Ag. Para wakil Dekan meliputi: (1) Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kelembagaan : Dr. Saminanto, M.Sc. (2) Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan: Dr. H. Nur Khoiri, M.Ag, (3) Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama: Dr. Hj. Nur Khasanah, M.Kes.
Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo Semarang mengelola 10 program studi dengan berdirinya program studi Teknik Lingkungan yakni meliputi: 1) Pendidikan Matematika; 2) Pendidikan Kimia; 4) Pendidikan Fisika; 5) Pendidikan Biologi; 5) Matematika; 6) Kimia; 7) Fisika; 8) Biologi; 9) Teknologi Informasi (TI); 10) Teknik Lingkungan
Kepemimpinan Fakultas Sains dan Teknologi Periode Ketiga (2024-2026)
Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo saat ini memasuki kepemimpinan periode ketiga yaitu Tahun 2024-2026. Pelantikan Dekan FST periode ketiga, Prof. Dr. H. Musahadi, M.Ag. oleh Rektor UIN Walisongo, Prof. Dr. Nizar, M.Ag. pada tanggal 4 April 2024 dengan terbitnya SK Menteri Agama RI Nomor: 2065/Un.10.0/R/KP.07.6/8/2019 Tentang Pemberhentian dan Pengangkatan Dekan pada UIN Walisongo Semarang.
Tata kelola pada Fakultas Sains dan Teknologi, Dekan dibantu oleh tiga Wakil Dekan. Pelantikan para Wakil Dekan FST periode ketiga (2024-2026) dilaksanakan pada tanggal 4 April 2024 oleh Rektor UIN Walisongo Semarang, Prof. Dr. Nizar, M.Ag. Para wakil Dekan meliputi: (1) Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kelembagaan : Dr. Hamdan Hadi Kusuma, S.Pd., M.Sc. (2) Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan: Dr. Atik Rahmawati, S.Pd., M.Si, (3) Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama: Dr. Ervin Tri Suryandari, S.Si., M.Si.
Sedangkan Pimpinan Jurusan/ Program Studi di lingkungan Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo dilantik secara resmi oleh Rektor, Prof. Dr. Nizar, M.Ag. pada hari Jumat, tanggal 19 April 2024. Formasi lengkap pimpinan 10 (Sepuluh) Program Studi yang terdiri dari Ketua dan Sekretaris Program studi sebagai berikut.
- Budi Cahyono, S.Pd., M.Si. (Ketua Jurusan Matematika/Ketua Program Studi Pendidikan Matematika)
- Mujiasih, M.Pd. (Sekretaris Program Studi Pendidikan Matematika)
- Edy Daenuri Anwar, M.Si. (Ketua Jurusan Fisika/ Ketua Program Studi Pendidikan Fisika)
- Susilawati M.Pd. (Sekretaris Program Studi Pendidikan Fisika)
- Wirda Udaibah, S.Si, M.Si. (Ketua Jurusan Kimia/ Ketua Program Studi Pendidikan Kimia)
- Teguh Wibowo, M.Pd. (Sekretaris Program Studi Pendidikan Kimia)
- Listyono, M.Pd. (Ketua Jurusan Biologi/ Ketua Program Studi Pendidikan Biologi)
- Saifullah Hidayat, S.Pd. M.Sc. (Sekretaris Program Studi Pendidikan Biologi)
- Any Muanalifah, M.Si., Ph.D. (Ketua Program Studi Matematika)
- Prihadi Kurniawan, M.Sc. (Sekretaris Program Studi Matematika)
- Alwiyah Nurhayati, M.Si., Ph.D. (Ketua Program Studi Fisika)
- Muhammad Ardhi Khalif, M. Sc. (Sekretaris Program Studi Fisika)
- Mulyatun, M. Si. (Ketua Program Studi Kimia)
- Zidni Azizati, M.Sc. (Sekretaris Program Studi Kimia)
- Dian Ayuning Tyas, M.Biotech. (Ketua Program Studi Biologi)
- Galih Kholifatun Nisa, M.Sc. (Sekretaris Program Studi Biologi)
- Dr. Khotibul Umam, M.Kom (Ketua Jurusan TI/ Ketua Program Studi Teknologi Informasi)
- Hery Mustofa, M.Kom. (Sekretaris Program Studi Teknologi Informasi)
- Baiq Farhatul Wahidah, M. Si. (Ketua Jurusan TL/ Ketua Program Studi Teknik Lingkungan)
- Ling Rusmadi, S. Th.I., M.Si. (Sekretaris Program Studi Teknik Lingkungan)
Kepala Bagian Tata Usaha (Kabag TU) Fakultas Sains dan Teknologi UIN Walisongo sejak 31 Desember 2019 dijabat oleh M. Kharis, SH., M.H. Sebelumnya sejak 1 Mei 2019 Plt. Kabag TU FST dirangkap oleh Dr. H. Ismail, M.Ag. saat menjabat Wakil Dekan II dan Dekan FST. Kabag TU FST pertama dijabat oleh Hj. Siti Nur Faizah, M.M. Kemudian dilanjutkan oleh Drs. H. M. Zainul Farid AK.